解旋酶沿着复制叉的方向前进，产生一个单链区域，但是这个单链DNA极不稳定，很快会再次配对形成双链DNA或者被核酸酶降解。细胞内存在大量的单链DNA结合蛋白(SSB ),能快速与单链DNA结合，防止其重新配对或降解。SSB与单链DNA结合后，使DNA拉伸，有利于复制。当一条新的DNA链合成到某个位置时，该位置的SSB就会脱落，脱落的SSB可以重新利用。

(3)DNA拓扑异构酶

DNA在细胞中往往以超螺旋状态存在，DNA拓扑异构酶催化同一DNA分子在不同超螺旋状态之间的转化。有两种DNA拓扑异构酶。DNA拓扑异构酶I的作用是暂时切断一条DNA链，形成酶-DNA共价中间体，松弛超螺旋DNA，然后在没有任何辅助因素的情况下，将切断的单链DNA连接起来；DNA拓扑异构酶ⅱ能在DNA分子中引入负超螺旋，能暂时切割并重新连接双链DNA，同时需要ATP水解提供能量，如大肠杆菌中的DNAgyrase。

(4)引发酶

起始酶在复制起点合成RNA引物，并起始DNA复制。它与RNA聚合酶的不同之处在于，起始子可以催化核糖核苷酸和脱氧核苷酸的聚合，而RNA聚合酶只能催化核糖核苷酸的聚合。其功能是启动DNA转录合成RNA，将遗传信息从DNA转移到RNA。

(5)DNA聚合酶

DNA聚合酶首先在大肠杆菌中发现，后来在其他原核生物中也发现了。它们的共同性质是:以脱氧核苷三磷酸(dNTP)为前体催化DNA合成；需要模板和引物的存在；无法启动新DNA链的合成；催化dNTP添加到延伸的DNA链的3’-OH末端；催化DNA合成的方向是5’→3’。

(6)DNA连接酶

1967年三个实验室同时发现了DNA连接酶。它是一种闭合DNA链中缺口的酶，ATP或NAD水解提供的能量催化DNA链的5’-磷酸基团末端和另一条DNA链的3’-0h生成磷酸二酯键。只有两条相邻的DNA链可以被DNA连接酶连接。

2.2的启动。DNA复制

所有的DNA复制都是从一个固定的起点开始的，而已知的DNA聚合酶只能延伸现有的DNA链，而不能从头合成DNA链。那么新DNA的复制是如何开始的呢？发现当DNA复制时，一段RNA引物首先由DNA模板上的起始子合成，然后由DNA聚合酶从RNA引物的3’端合成一条新的DNA链。对于主链，这个引发过程相对简单。只要有RNA引物，就可以从中合成DNA聚合酶。但对于lag链来说，起始过程非常复杂，需要各种蛋白质和酶的协同作用，还涉及冈崎片段的形成和连接。

链滞后的引发过程通常由引发剂完成。引发剂由六种蛋白质组成，只有引发剂前体和引发剂酶组装成引发剂才能发挥作用。起始子可以沿着滞后链分叉的方向移动，间歇地在滞后链的模板上触发滞后链的引物RNA。由于起始子在滞后链模板上的运动方向与其合成引物的运动方向相反，所以在滞后链上合成的RNA引物很短，一般只有35个核苷酸长。

这些引物在同一生物体的细胞中具有相似的序列，这表明引发酶必须在lag链模板上的特定位置才能合成RNA引物。DNA复制开始时的几个核苷酸最容易出错。即使RNA引物出现错误，最后也会被DNA聚合酶I切断，不会影响DNA复制的准确性。

RNA引物形成后，根据碱基互补配对的原理，在DNA聚合酶III的催化下，在RNA引物的3’-0h末端添加第一个脱氧核苷酸，并延伸DNA链。

3.3的扩展。DNA链

新DNA链的延伸由DNA聚合酶III催化。为了连续复制，解旋酶必须沿着模板前进，移动和解开双链。由于DNA的熔化，在双链DNA区域，尤其是环状DNA中，必然会出现一个正超螺旋。到了一定程度，可能会让复制叉难以前行。但是DNA在细胞内的复制不会因为拓扑问题而停止，因为拓扑异构酶会解决这个问题。

随着起始子合成RNA引物，DNA聚合酶III开始不断延伸引物合成DNA。DNA聚合酶III是一种多亚基复合二聚体，一个单体用于合成前导链，另一个单体用于合成迟滞链，因此可以同时分别复制DNA前导链和迟滞链。虽然DNA前导链和滞后链复制的方向不同，但如果滞后链模板环绕DNA聚合酶III，经过DNA聚合酶III，然后向未解链的双链DNA方向弯曲，那么滞后链的合成就可以与前导链的合成方向相同。

当DNA聚合酶ⅲ沿滞后链模板移动时，特异性起始子合成的RNA引物可被DNA聚合酶ⅲ延伸，合成DNA。当合成的DNA链到达先前合成的冈崎片段的位置时，滞后链模板和新合成的冈崎片段从DNA聚合酶III中释放出来。随着复制叉继续向前移动，产生了单链的滞后链模板，它重新环绕DNA聚合酶III，并开始通过DNA聚合酶III合成新的滞后链冈崎片段。通过这种机制，前导链的合成不会超过滞后链太多，从而使起始子以与DNA聚合酶III相同的速度在DNA链上移动。

在复制叉附近形成由DNA聚合酶ⅲ二聚体、起始子和解旋酶组成的核糖体样复合体，称为DNA复制子。当复制子在DNA前导链模板和滞后链模板上移动时，合成了由许多冈崎片段组成的连续的DNA前导链和滞后链。冈崎片段形成后，DNA聚合酶I通过其5’→3’核酸外切酶活性，切断冈崎片段上的RNA引物，以后面的冈崎片段为引物，从5’→3’合成DNA，填补缺口。最后通过DNA连接酶将冈崎片段连接起来，形成完整的DNA滞后链。